扁鵲年輕時給別人當客店的主管。客人長桑君到客店裏來時，扁鵲唯獨認爲他奇異不凡，總是對他很恭敬。長桑君也知道扁鵲不是平常之人，在客店出入十多年後，便招呼扁鵲到沒人的地方坐下，小聲地對他說：「我有不公開傳人的祕方，我已年老了，想要傳授給你，你不要泄露出去。」扁鵲說：「遵命。」長桑君便拿出他懷裏的藥物來交給扁鵲，說道：「用沒有沾地氣的天露之水飲服這種藥三十天，就能洞察各種事物了。」然後取出他的所有祕方書籍，全都給了扁鵲。忽然之間長桑君就不見了，大概他不是凡人吧。扁鵲依照他的說法服藥三十天後，便能隔牆看到另一邊的人。用這種功能診察疾病，完全能看到五臟六腑疾病的病根和體內病物的部位，他只是把診脈當作一種名份上的事情。他有時在齊國行醫，有時又在趙國。在趙國時人們尊稱他爲扁鵲。
在晉昭公的時候，衆大夫的勢力強大，而各諸侯國國君宗族的勢力弱小。趙簡子做大夫，獨攬國家政事。趙簡子得了病，五天不省人事。其他大夫們都惶恐不安，這樣就把扁鵲召來了。扁鵲進去給他看了病。出來時，董安於向扁鵲詢問病情。扁鵲說：「他的血脈和順，你們有什麼值得驚怪的呢？從前秦穆公也曾經像這樣，七天才醒過來。醒過來那天，他告訴公孫支和子輿說：『我到天帝那兒去了，非常喜樂。我在那裏呆得比較久，是因爲天帝要告訴我一些事情。天帝告訴我說：「晉國將要大亂，五世不得安寧。然後將要成霸業，霸主未老而死。霸主的兒子將要使你的國家裏男女間沒有區別。」』公孫支把這些話寫下並且收藏起來。秦國便根據它來定出了自己的策略。後來獻公之亂，文公成霸業，襄公在餚地打敗秦軍後，回去就放縱淫逸，這些都是你們聽到過的。現在你們主君的病和他的病相同，不超過三天必定能病癒，而且病癒後也必然有話要說。」
過了兩天半，趙簡子甦醒了，對各位大夫說道：「我到天帝那兒去了，非常喜樂，和衆多神人一起在天帝居住的中天遊覽。天樂奏了九遍，千萬神人共舞，與夏、商、週三代的音樂都不類似，那種音樂聲簡直動人心魄。有一隻熊想來牽拉我，天帝命令我射殺它。我射中了它，那熊就死了。又來了一隻羆 (俗稱人熊)，我又射它。被我射中後，羆也死了。天帝很高興，贈送我兩個笥(方形竹器)，都是帶把的。我看見我的兒子在天帝旁邊。天帝把一條翟犬委託給我，說道：『等到你兒子身體健壯以後，就把這條狗贈送給他。』天帝還告訴我：『晉國要一世世地衰落，經過七世以後便要亡國。一位姓嬴的人將要在範魁的西邊大敗周國的軍隊，但也不能佔有該國。』」董安於聽到這些話後，把它書寫下來並且收藏好了。他又把扁鵲的話告訴了趙簡子，趙簡子便賜送給扁鵲四萬畝田產。
那以後，扁鵲來到虢國。虢國太子剛死去。扁鵲來到虢國宮廷門前，問喜愛方術的中庶子說：「太子得了什麼病？國都中舉行祛邪祭祀都壓過其它一切事情了。」中庶子回答說：「太子的病症是血氣不按時運行，正邪交爭而邪氣不能宣泄，突然在體表發作出來，而實則是體內已成病患。體內正氣不能遏制邪氣，邪氣聚積而不能泄宣，因此陽氣衰微而陰邪盛實，所以突然昏厥而死。」扁鵲問：「他死了多長時間了？」回答說：「從雞鳴時辰到現在。」又問：「裝殮了嗎？」回答：「沒有，他死去還不到半天呢。」「請稟報國君，說我是齊國的秦越人，現住在鄭國，不曾拜見、侍奉他而仰望其風儀神采。聽說太子不幸的死去，我能使他復活。」中庶子說：「先生你該不是想騙虢君吧？憑什麼說太子能復活呢？我聽說上古時期，有個叫俞跗的名醫，治病時不用湯藥、藥酒、石針、導引、按摩、熱熨等療法，一眼就能看準疾病的部位，及其依循五臟六腑輸穴傳播的途徑。於是割開皮膚，剖開肌肉，疏通經脈，接續筋腱，按治髓腦，取出心膈間病物，疏理膈膜，清洗腸胃，潔淨五臟，煉養精氣，變易形骸。你的醫術能象這樣，那麼太子才能復活；如果不能象這樣，卻想使太子復活，就連剛會笑的嬰兒也不能這樣告訴他！」過了好一會兒，扁鵲仰天嘆息着說：「您所謂的醫術，就象從竹管裏看天空，從縫隙中看圖紋。我秦越人所施行的醫術，不須診脈、望色、聽聲、病人訴說病狀，就能說出疾病所在的部位。一知疾病之陽，便能推知其陰；一知疾病之陰，便能推知其陽。疾病症狀總是會表現到外部來的，病人又不在千里之外，可以確診的根據是很多的，不可能詳盡地全說出來。如果你認爲我的話不真實，試請你進去診察一下太子，應當能聽到他的耳中有聲響，看到他的鼻翼在扇動，順着他的兩條大腿撫模，直到陰部，應當還是溫熱的。」中庶子聽了扁鵲的話，兩眼呆呆地不能眨動，舌頭翹起就放不下來，於是才進去把扁鵲的話稟報給虢君。
虢君聽了這番話非常驚訝，就一直走到宮殿中門來迎接扁鵲。虢君說：「我私下聽到您高尚醫德的時間很久了，但始終沒機會去拜訪你。先生來到我們小國，我有幸請您來救治太子，真是我這個偏僻小國國君的極大榮幸。有了先生，太子就能復活，如果沒有先生，太子就要被拋棄填埋在山溝裏，永別人世而不能復生。」話還沒說完，虢君就已經悲哀抽泣，胸氣鬱結，精神散亂恍惚，眼淚長流不止，淚珠掛滿睫毛，悲傷得不能自我控制，連容貌都改變了。扁鵲說：「像太子這種病，就是所謂的『屍蹶』。太子並沒有死。」扁鵲就讓徒弟子陽磨利針具，用來針刺頭頂的百會穴，過了一會兒，太子甦醒了。又讓徒弟子豹施行藥力溫滲體內五分的熨法，用八減方劑的藥物混合煎煮，不斷更換熱藥熨貼脅下部位，太子能起身坐了。再進一步調適陰陽，僅僅服藥二十天就恢復了原狀。所以天下人都認爲扁鵲能起死回生。扁鵲卻說：「我並不能起死回生，像這種本來應當活的人，我不過能使他康復罷了。」
扁鵲來到齊國，齊桓侯把他當作客人。扁鵲上朝拜見齊桓侯，說：「您有疾病在腠理部位，如果不治療將要深入。」桓侯說：「我沒有病。」扁鵲退出。桓侯對身邊的近臣說：「醫生好圖利益，想要治療沒病的人，以之邀功。」五天後，扁鵲又去拜見桓侯，說：「您有疾病在血脈之中，如果不治療恐怕會深入。」桓侯說：「我沒有病。」扁鵲退出。桓侯不高興。五天後，扁鵲又去拜見桓侯，說：「您有疾病在腸胃之間，如果不治療將會更深入。」桓侯不應聲。扁鵲退出。桓侯又不高興。五天後，扁鵲要再去拜見桓侯，可是遠遠看到桓侯就掉頭跑開了。桓侯派人去詢問其中緣故。扁鵲說：「疾病在腠理時，是湯藥和熨法的效力所能達到的；在血脈時，是針刺砭石的效力所能達到的；疾病在腸胃時，是藥酒的效力所能達到的；疾病在骨髓，即使是主管生命的神靈也不能把疾病怎樣了！如今疾病在骨髓，我因此不再請求爲他治療了。」五天後，桓侯身體疼痛，派人召喚扁鵲，扁鵲已經逃離齊國。齊桓侯最終還是死了。
假若齊桓侯像聖人一樣，預先察覺事物的微小變化，能讓良醫得以儘早地下手治療，疾病就能治癒，身命就可存活。人們所擔憂的，是擔憂疾病多；而醫生所擔憂的，是擔憂治療方法少。所以有六種人的病是醫生不願意治療的：第一種是傲慢放縱不講道理的；第二種是把身體看得輕卻把錢財看得重的；第三種是衣着飲食不適宜於病情的；第四種是血氣錯亂，臟腑功能不穩定的；第五種是身體瘦弱不能承受藥力的；第六種是相信巫師不相信醫生的。屬於上述六種人之一的，他的疾病就極難治癒。
魏文侯曾經問扁鵲說：「你們三兄弟中誰最善於當醫生？」扁鵲會答說：「大哥最善於當醫生，二哥就次一些，而我扁鵲是最差的。」文侯說：「可以說出來聽一聽嗎？」扁鵲說：「大哥對於疾病，看到它的『神』還沒有成『形』的時候，就把它除去了，因此他的名聲只侷限在我們家裏，外面的人都不知道；二哥治病，是在疾病只有細如毫毛的形跡時，就把它治了，因此他的名聲只侷限在我們的閭(二十五家人)之內；至於我扁鵲嘛，拿針去刺病人的血脈，拿有毒的藥物去給病人服用，拿刀去剖開病人的皮膚和肌肉，病治好了，也就出名了，各個諸侯國裏的人都知道我的名字。」(這一段問答最精闢而形象地詮釋了「良醫化之，拙醫敗之」和「聖人不治已病，治未病」等高層次醫家的思維方法和治療原則，其內涵是極其深刻的。)
扁鵲的名聲傳遍天下。扁鵲來到邯鄲，聽說當地人尊重婦女，便做婦科醫生；來到洛陽，聽說那裏的周國人敬重老年人，便做治療耳、目、□疾的醫生；來到咸陽，聽說那裏的秦國人珍愛兒童，便做兒科醫生。總之是隨着各地習俗的不同來改變自己行醫的側重點。
秦國太醫令李醯妒忌自己的醫技不如扁鵲，就派人刺殺了扁鵲。
直到今日，天下研討脈學的人，還是遵從扁鵲的脈法。但扁鵲經手傳下來的醫學著作，也大多散佚了。至今比較能確定的重要著作只有《黃帝八十一難經》(簡稱《難經》)。據《難經》傳人之一的初唐大詩人王勃的記載，《難經》是經由岐伯、黃帝、伊尹、太公、文王等人，一直傳到扁鵲手中。扁鵲對《難經》進行了整理並釐定其章句，再傳給後世之人。因此後人所知的《難經》就是扁鵲修整過的版本，而扁鵲以前的《難經》到底什麼樣子，恐怕就沒人知道了。或許因爲這個原因，後世有些醫家就認爲《難經》是扁鵲的著作。《難經》是中醫學中僅次於《黃帝內經》的基本理論著作，對於整個中醫學的發展影響極大。據《漢書·藝文志》記載，到漢代的時候，有些扁鵲的醫學著作也還在民間流傳着，其中包括《扁鵲內經九卷》、《外經十二卷》(或許包括《難經》二卷在內)，以及《婦人嬰兒方十九卷》。
參考文獻:
[1] 《史記·扁鵲倉公列傳》(第四十五)，漢·司馬遷撰；
[2] 《漢書·藝文志》：《漢書補註》，漢·班固撰，唐·顏師古注，清·王先謙補註；
[3] 《 鶡冠子·世賢第十六》，宋·陸佃解；
[4] 《黃帝內經素問·四氣調神大論篇第二》：「聖人不治已病，治未病」；
[5] 《黃帝八十一難經序》：《王子安集·卷四》，唐·王勃着；
[6] 《中國醫學史講義》，北京中醫學院編。