黄琦在接受BBC记者采访时说，他自始至终都认为，中共当局判处他犯有"颠覆国家政权罪"根本就不成立。
他在接受BBC和美国之音记者采访时都表示：如果谁在中国这块土地上争取民主和自由，就把他说成是敌人，那我可以告明确地告诉他们（中共当局），我就是这样的人，我会引以为豪。
黄琦由于监狱生活条件恶劣，身患多种疾病。他希望能够到成都去治病，但是当局强行把他送回乡下。作家茉莉撰文披露道，这位因在1999年创办的“天网寻人”网站报道人民疾苦、对政府提出批评而入狱的民间英雄，在经受五年漫长的狱中折磨之后，一回家就由于疾病缠身，而不得不卧床休息。
在狱中，黄琦因为坚持要写申诉，遭到殴打，被关了一年多的小号子，长期睡潮湿地板，造成他背部长疮，伤痛不已，还患上了风湿性心脏病，经常头痛，消瘦而脸部浮肿。
文章说，黄琦希望回到他妻子和儿子居住的成都去，以便检查身体进行治疗。这样最正常合理的要求，却遭到四川当局的拒绝。四川省公安厅要求黄琦的父母把儿子回内江的，还无理要求家属配合对黄琦的管理。
除了不准回到自己的家，更令人气愤的是，当局把黄琦在狱中写作的几十万字的笔记强行搜走。黄琦很伤心，因此和警察说理争论，但仍然未能拿回自己的狱中文字。
文章说，这五年来，黄琦那患病的妻子曾丽，带着他们那个父亲入狱时才十岁的男孩，受尽煎熬。因为是黄琦的儿子，成都公立中学不让孩子入学读书，曾丽只好让儿子读私立学校。不敢对老师和同学说自己的父亲是谁、在哪里，这个小男孩因此变得忧郁内向。现在，对孩子来说已经变得陌生的父亲，终于出狱了。
尽管出了狱，摆在黄琦面前的道路，还是异常地艰辛。他首先要争取回到成都自己家的权利，同时，一家三口的生计，医疗的费用，孩子的学费，都是严峻的问题。
文章说，但理想主义者黄琦的口气仍然很坚定，他说：我将来仍然会发出声音，我们这些有原则的人，不会放弃。
黄琦让文章作者告诉大家，他感谢海内外一切关心他的人。在狱中恶劣的环境里，他曾经千百次不想活了，但终于挺过来，因为他知道有这么多善良的人们还记得他、关心他。
文章作者和黄琦谈到今天是六四，一个让人刻骨铭心的特殊日子，黄琦说：“民主和自由，是勇敢民族的专利。六四过去16年了，政治专制至今还没有改变，我们都有责任。”