對於李昌鈺來說，這是一次正常的學術交流，但在中共看來卻正好相反。
中國大陸對於發生在臺灣大選前的319槍擊事件非常關注，有很多跡象都表明是江澤民插手槍擊案，用無頭案挑撥藍綠兩陣營，妄圖把事態搞大，渾水摸魚，趁機攻臺。如果不從這個角度入手，就無法理解爲什麼暗殺用自制手槍，這明擺着是不想讓阿扁死嘛！於是自導苦肉計的說法使兩派的火藥味更濃。自己捱了暗槍還要回答誰是兇手，這正是肇事者自制手槍的目地。明眼人都看到，江澤民不希望臺灣藍綠任何一方掌權，江要在臺灣稱「萬歲」，槍擊陳水扁的目地就是攻臺，在中共內奪回真正的「核心」地位！
這些都是骯髒的政治，文人給政治下的定義是：不流血的戰爭。現代的政治是流血的。
據中國新聞週刊報導，李昌鈺在北京期間，曾向中共有關方面說明了槍擊案的調查結果。對於媒體關切臺灣319槍擊案的內情，李昌鈺說「我一生不牽涉政治問題」。
報導說，對於中國媒體關切調查內容，他強調，那顆子彈是什麼子彈，是自制的還是買的，槍枝是什麼形狀及射擊人的位置，這是我做的事情，至於是哪個人開槍，那是政治的事情，所以做法庭科學跟政治要分開來。
李昌鈺表明「法庭科學跟政治要分開」，就是告訴他的中國同行，刑事鑑識工作要一絲不苟、實事求是、不被政治所左右，要說真話。
報導說，李昌鈺在國際間享有盛名，曾經鑑識過「克林頓桃色案件」、「辛普森殺妻案」、「白宮顧問遭謀殺案」等世紀大案。對於自己的鑑定結果會否影響世界歷史的變遷？李昌鈺堅定的表示，只要鑑定公正就沒有任何問題。
他強調，刑事鑑識工作講究科學辦案、證據辦案，他自己不會因爲案件牽扯總統「就怕了」就「不敢講」。他工作的時候「不講政治」。
李昌鈺強調自己「一生不牽涉政治問題」，所以在美國，民主黨、共和黨都喜歡他，雖然本身是在臺灣長大，但早在一九八三年北京街上還有牛車時，就曾多次到訪中國大陸，未曾被拒絕，「因爲我們只是作科學」。
對於外界封他爲『神探』的說法，他說，那是因爲只聽到我破了的案，沒有聽到我沒破的案。
李昌鈺如此謙虛，實在值得周永康力捧那些說自己沒有審過一件錯案的任長霞們時，增加點兒剋制力，只咽吐沫不說話。