对于李昌钰来说，这是一次正常的学术交流，但在中共看来却正好相反。
中国大陆对于发生在台湾大选前的319枪击事件非常关注，有很多迹象都表明是江泽民插手枪击案，用无头案挑拨蓝绿两阵营，妄图把事态搞大，浑水摸鱼，趁机攻台。如果不从这个角度入手，就无法理解为什么暗杀用自制手枪，这明摆着是不想让阿扁死嘛！于是自导苦肉计的说法使两派的火药味更浓。自己挨了暗枪还要回答谁是凶手，这正是肇事者自制手枪的目地。明眼人都看到，江泽民不希望台湾蓝绿任何一方掌权，江要在台湾称「万岁」，枪击陈水扁的目地就是攻台，在中共内夺回真正的“核心”地位！
这些都是肮脏的政治，文人给政治下的定义是：不流血的战争。现代的政治是流血的。
据中国新闻周刊报导，李昌钰在北京期间，曾向中共有关方面说明了枪击案的调查结果。对于媒体关切台湾319枪击案的内情，李昌钰说「我一生不牵涉政治问题」。
报导说，对于中国媒体关切调查内容，他强调，那颗子弹是什么子弹，是自制的还是买的，枪枝是什么形状及射击人的位置，这是我做的事情，至于是哪个人开枪，那是政治的事情，所以做法庭科学跟政治要分开来。
李昌钰表明「法庭科学跟政治要分开」，就是告诉他的中国同行，刑事鉴识工作要一丝不苟、实事求是、不被政治所左右，要说真话。
报导说，李昌钰在国际间享有盛名，曾经鉴识过「克林顿桃色案件」、「辛普森杀妻案」、「白宫顾问遭谋杀案」等世纪大案。对于自己的鉴定结果会否影响世界历史的变迁？李昌钰坚定的表示，只要鉴定公正就没有任何问题。
他强调，刑事鉴识工作讲究科学办案、证据办案，他自己不会因为案件牵扯总统「就怕了」就「不敢讲」。他工作的时候「不讲政治」。
李昌钰强调自己「一生不牵涉政治问题」，所以在美国，民主党、共和党都喜欢他，虽然本身是在台湾长大，但早在一九八三年北京街上还有牛车时，就曾多次到访中国大陆，未曾被拒绝，「因为我们只是作科学」。
对于外界封他为『神探』的说法，他说，那是因为只听到我破了的案，没有听到我没破的案。
李昌钰如此谦虚，实在值得周永康力捧那些说自己没有审过一件错案的任长霞们时，增加点儿克制力，只咽吐沫不说话。