北京警方從2日清晨就開始了「清理上訪村」行動。早六點他們抓走了三名來自河南的上訪冤民（三人所反映的冤情正在調查中），上訪村到處都是便衣和跟蹤人員，白天警察沒有采取行動；晚間7點30分，警察突然調來大批警用車輛、印著「公務」字樣的兩節車廂的公交客車，分別包圍了「南站」、「上訪村」及南站小花園等「重點地區」， 「南站」附近各個路口都被警察封鎖，警察拉起警界線對過往行人進行查訊，「只准進不準出」；與此同時「幸福路」兩側也有數量衆多的警察在地方居委會人員的帶領下闖入旅館、出租客房；橋洞下警察打著手電檢查流浪人士……見外地來京非北京口音的人，就進行盤查，只要警察認定情況可疑、或搜出上訪材料、見到身帶鋪蓋卷的人不問緣由一律押上警車，在南站（102、106、20路公共汽車總站）廣場，其中一輛警車車身上印有指揮二字，警燈閃爍、從車中不時發出指令聲。
據現場目擊人統計：停在南站廣場的警車有30多輛，車牌號有：京A─1945、京A─3973、京O─B4044、京 C─09406、京O─B6972、京A─8636、京─6592、京O─B3783、京E─Z8787、EF5838（京E─F5838）、京 O─B9103、京C─09406、京C─09410……；僅在廣場周圍執行命令的警察就有200多人、還有城管車輛6～7輛、城管人員近百人、當局還調動地區保安人員近百人臨時幫忙，爲收押被拘押人員警方租用公交（大型客車）五輛。目擊證人證實，截止當晚10:40分，北京警察已經抓走八車以上的人（上訪公民），每車可載百人以上，此外還有大型。
在南站鐵路道口南側「街心花園」及西南「上訪村」周圍，參與此次行動的警察有150多人、地方保安人員80多人，出動警車30多輛，「公共汽車」（大型客車）五輛。
來自遼寧省瀋陽市蘇家屯區紅菱堡鎮張良堡村的民選村長、知名的上訪人士岳永進，在此次「清理活動」中也被警察抓捕。目擊人看到他是被三名警察掐著脖子押進警車的。人們還看到車中不少人還帶著手銬。
10:10左右，許多人士看到一位南方來的上訪老頭不肯上車，他被警察打倒在地，拖上了車；警察發現他們拖著的一位老太太確實有病時，就將她扔在馬路旁揚長而去，是北京居民將她送往醫院。
每當裝滿了一警車的人警車就開走，將他們送往石景山體育場集中，他們以後的下落不明。
上訪人員形容現場：被抓人員的哭喊聲、孩子受驚的哭鬧聲、男人的呼冤聲、婦女的詛咒聲、警察的申斥聲、指揮行動的指令聲、……整整一夜響徹地區上空，處在法西斯恐怖氛圍中，當地的居民都不敢出門，這種恐怖籠罩著整個首都南城。
11：40大搜捕結束後，上訪人士回到租住的房屋中，室內一片狼藉。上訪人士：這些警匪們進門撕掉了門簾、用警棍砸碎了玻璃，地上到處都是碎碗片，還把我們用揀破爛的錢買的吃的扔進了垃圾桶，將醬油倒進了火爐，這些警匪非常的惡毒，簡直就象瘋狗瘋了一樣。
自己産權的房屋玻璃被砸，北京居民向110舉報，應該出警的右安門派出所的警察就在事發現場，他們對此沒有任何表示。
北京居民質問：我們還以爲你們在抓罪犯，你們這是執法還是違法？
首都南城的當地居民表示：從來沒見過這樣凶神惡煞般的警察，不管這些「上訪」人有沒有問題，他們總還是一個人，怎麼能這樣對待他們？憲法剛剛修改完，說要尊重人權難道這就是尊重的表現？
據北京當地居民粗略估計參加這次行動的首都警察大約有一千名左右。
3日，警察依然在「兩辦門前」、「高法」門前守候，凡進入衚衕內的人警察都要抓。發稿時，目擊證人證實又有六車人被「帶走了」。
北京南站上訪人士搭的「住居」
首都南站鐵道邊棚戶區之一
北京首都南站鐵道邊棚戶區之二
首都南站花園廣場
陶然亭橋下之一
陶然亭橋下之二
陶然亭橋下之三