第39军的前身是东北野战军第2纵队。该纵队是由中国工农红军第15军团部分部队发展而来的，该军团由两部分组成：一是红军长征最先到达陕北的红25军；另外一部分是陕北苏区的红26军。第39集团军现属沈阳军区，军部驻辽宁省营口市。
朝鲜战争爆发后，第39军随13兵团首批入朝参战。在第一次战役中，与美军“开国元勋师”骑一师在云山镇交手，美军骑一师是美军中战斗历史最为悠久的部队，是当年华盛顿创建美国的开国师，历史上从无败绩。39军116师师长汪洋率部重创其第八团，还将增援的第五团击溃。至今第39集团军在野战部队中地位显赫。
1937年8月25日，红15军团在陕北三原县桥底镇改编为国民革命军第八军第 115师第334旅，旅长徐海东，副旅长黄克诚。
1940年2月，改编为八路军第2纵队，司令员左权（后为杨得志），政治委员黄克诚。
6月底，第2纵队一部与新四军第6支队在淮北地区会师，整编为八路军第4纵队，司令员彭雪枫，政治委员黄克诚，
1945年10月，新四军第3师奉命挺进东北。11月底到达锦州地区，归东北人民自治军建制。1946年1月改称东北民主联军第3师，辖第7、第8、第10旅、独立旅及师直三个特务团，共3.7万余人，师长兼政治委员黄克诚。
1946年8月，以师机关一部成立西满军区，司令员黄克诚，政治委员李富春。
9月，师主力改编为东北民主联军第2纵队，刘震任司令员，吴法宪任政治委员兼政治部主任，吴信泉任副司令员兼参谋长。
1948年1月东北民主联军改称东北人民解放军，第2纵队番号未变。8月，东北军区前方第2指挥所改称东北野战军第2兵团部，第2纵队隶属第2兵团建制。
1948年11月1日，第2纵队改称中国人民解放军步兵第39军，刘震任军长，吴法宪任政治委员，谭友林、孙子仁任副军长，王良太任参谋长，李雪三任政治部主任。原辖第4师改称第115师，胡继成任师长，李世安任政治委员；第5师改称第117师，张竭诚任师长，李少元任政治委员；东北人民解放军独立第7师调归该军建制，改称第152师，罗华生任师长，邱子明任政治委员。
1949年4月，由东北军区整训司令部组建第14兵团，第39军隶属第14兵团建制。4月底，第39军由河北武清地区出发，向华中南进军。7月初，进至湖北宜昌、沙市、江陵地区，渡过长江，改归第13兵团建制。后进军湘西，参加了衡宝战役，然后直下柳州，解放南宁，于12月11日解放镇南（友谊）关。同时，第152师改为南宁军分区，脱离第39军建制。
1950年1月2日，第39军奉命北上，7月4日，开赴东北，到辽阳、海城地区驻防。
1950年6月25日，朝鲜内战爆发。10月，第39军改编为中国人民志愿军第39军，军长吴信泉，政治委员徐斌洲。
1952年12月18日，移防西海岸，参加西海岸抗登陆备战。1953年5月回国。
自朝鲜回国后，第39军长期驻守辽东半岛，是我军布防在东北首屈一指的主力军团，担负警戒苏联、朝鲜半岛军事态势的战略力量。
1985年，第39军改编为集团军，是全军重装的三个快速反应集团军（另两个为38军和54军）之一，属于全军的战略预备部队。
第39集团军属满编军，武器配备优良，下辖四个师，即115摩步师，116机械化师，117武警和第三坦克师，以及装备“小羚羊”的陆军航空兵大队、特种兵大队、防空旅、工兵团、防化团等技术兵种，全军现有7万5千人。
第39集团军现属沈阳军区，军部驻辽宁省营口市。