2004年6月28日晚，在曾慶紅訪問南非期間，前往約翰內斯堡尋求法律途經起訴曾慶紅的澳洲法輪功學員，在驅車趕去總統府賓館的途中遭到黑槍襲擊，其中唯一一名身穿寫有「法輪大法」標記服裝的法輪功學員David Liang中彈，右腳粉碎性骨折。這是海外法輪功學員五年來遭受的最嚴重迫害事件，受害者認爲是有針對性的僱兇殺人行爲。這種恐怖行爲是包括曾慶紅在內的江氏集團犯下的又一罪行。
* 曾慶紅是最早支持江澤民迫害法輪功的幾人之一
曾慶紅、羅乾等人是最初支持江氏迫害法輪功的少數政治投機犯罪分子，借打擊法輪功排除異已、撈取政治資本、達到險惡的政治目地。江澤民出於個人的妒嫉和對權威的維護，夥同心腹曾慶紅和主管政法工作的羅乾等少數野心分子密謀，破壞憲法，策劃將法輪功置於死地。1999年7月20日，江澤民發動了對法輪功的政治迫害運動。
沒有經過全國人大討論及法院、檢察院的公開調查、審理判定的情況下江澤民突然發起的迫害法輪功運動，當時大多中共高層不贊同。1999年7月23日，曾慶紅領導的中共中央組織部公開表態支持江氏，爲江氏打氣，在中共組織上爲江氏迫害開道。
曾慶紅在鎮壓開始初期說，對法輪功的鬥爭是對黨的重要考驗，從而煽動不明真象的黨政幹部仇恨法輪功，在思想和理論上爲調動中共全黨力量和中國政府力量迫害法輪功製造藉口，把政府變爲鎮壓人民的機器。
幾年以來，迫害法輪功越來越不得人心，現在江澤民已經十分孤立、騎虎難下，現爲中共中央政治局常委的曾慶紅和羅乾等少數人仍繼續附和江澤民。
* 利用職權號召加大力度迫害法輪功
在任中共中央政治局候補委員、中共中央書記處書記、中共中央組織部部長期間，曾慶紅利用手中的權力多次在組織部門的會議上誹謗和攻擊法輪功，號召加強打擊法輪功，要求各級黨委、各級組織人事部門「積極主動地參加這場嚴肅的政治鬥爭」。
例如，在2000年的一次全國組織部長的會議上，曾慶紅又藉機誣衊、誹謗和攻擊法輪功。
由於曾慶紅控制中共組織部這一實權部門，對於驅使各級黨政幹部參與迫害法輪功起到實質性的推波助瀾作用。
2001年4月20日，在北京召開的一次全國農村思想學習教育的會議上，曾慶紅在吹捧「三個代表」的同時，又一次要求和號召在全國農村打擊法輪功。
* 親自組織、策劃代號「3號風暴行動」抓捕法輪功學員
曾慶紅親自組織行動非法抓捕法輪功學員，外界現在知道的有：在2001年10月1日前，由曾慶紅、羅乾親自組織、策劃代號「3號風暴行動」，導致又一批法輪功學員被抓。
「3號風暴行動」大致主要是國家向各省、市派遣計算機網絡專業人員，破壞與明慧網的聯繫。各主要公共場所、街道和居民區都有警察和僱傭無業青年，24小時不間斷蹲坑，導致一些法輪功學員被抓，有的甚至是從家裏半夜被警察抓走。
* 親自在全國各地蹲點、坐鎮
曾慶紅不僅在幕後充當江澤民的軍師，而且到地方坐鎮，親自迫害法輪功。
例如， 2001年元月17日至23日，曾慶紅、羅幹去湖南省迫害法輪功，羅乾坐鎮衡陽市，曾慶紅坐鎮省會長沙市。在六天中，在長沙市具體有多少法輪功學員被非法抓捕數據不詳，但僅在衡陽市區就地毯式抓捕了1600多名法輪功學員，對他們進行長期關押。抓的方式：有的以談心交朋友爲名騙去被關，有的令其寫保證，不寫即關，有的進行圍捕、追捕，有的是以通緝令等多種形式。大法弟子被抓進去後陸陸續續被非法判勞教、勞改，被分別綁架到長沙平塘勞改監獄、新開鋪勞教所、株洲白馬壠勞教所、岳陽勞改農場。
安徽省合肥市各區原定於2001年4月25日開始的洗腦轉化班，由於法輪功學員的抵制，都沒有辦成。2001年4月底，曾慶紅來到合肥市，在他的指使下，安徽省各地於4月29日、30日瘋狂抓捕法輪功學員，誘騙、砸門、綁架，無所不用其極。
* 策劃和利用「天安門自焚」使迫害升級
江澤民、曾慶紅、羅乾等一夥在2001年1月23日下午炮製「天安門自焚案」事件嫁禍法輪功，震驚了全世界。影響惡劣的「天安門自焚案」是江氏集團栽贓法輪功的最大謊言，以此煽動不明真象的人們對法輪功產生仇恨，爲迫害法輪功製造藉口，並且使迫害升級。關於「天安門自焚案」的真象，國際教育發展組織（IED）在2001年8月14日指出：「天安門自焚事件」「是中國政府一手導演」，並專門備有真象銬貝，供人們自由領取。2003年11月份，揭露「天安門自焚案」騙局的影片《僞火》（False Fire）獲第51屆哥倫布國際電影電視節榮譽獎。經過對中央電視臺錄像進行慢鏡頭分析發現，裏面破綻百出，自焚者之一劉春玲被人從腦後面當場打死，幾名自焚者根本不是法輪功學員。
2001年1月27日至2月1日，曾慶紅在江蘇、湖南調查，趁機利用剛剛發生的天安門自焚案，大肆誣衊、誹謗、攻擊法輪功，並且要求把迫害法輪功「作爲一項重要的任務抓緊抓好，決不能含糊，不能客氣」。
* 凌駕於法律之上 打擊報復原告
2000年8月29日，兩名法輪功學員朱柯明和王傑，向最高人民檢察院控告中共總書記江澤民、中組部長曾慶紅以及中央政法委書記羅幹非法鎮壓法輪功。9月7日晚上，兩人同時在北京被公安強行抓捕。
* 曾慶紅應立即被法辦
曾慶紅一直給江出謀劃策，給江大搞個人迷信和崇拜，心狠手毒爲江排除異己，爲自己撈取政治資本，在黨內外聲譽差、民意差。
現在明白法輪功真象的人越來越多，江氏小集團越來越孤立和不得人心，在國內外，法辦江氏小集團的呼聲越來越高。江澤民、曾慶紅、李嵐清、羅幹、薄熙來等迫害法輪功的兇手已經被告上法庭。作爲江澤民迫害法輪功的主要幫兇之一，曾慶紅直接參與從早期密謀、策劃、組織、號召到誣衊和迫害法輪功，雙手沾滿善良修煉者的鮮血，罪大惡極，應立即和江澤民、羅幹、劉京、周永康一起被法辦。