他18歲進劍橋大學學習，27歲即出任劍橋大學教授，發明微積分與積分法兩項定理。他在天文、地理、數學、神學等方面都取得了輝煌成就。他發現了普通白光由七色組成，出版了近代科學奠基性鉅著《自然科學的數學原理》。他發現了運動三定律和萬有引力定律，爲近代力學奠定基礎，實現了以伽利略爲先導的數學與實驗手段的結合。牛頓雖然在科學上做出了無與倫比的貢獻，但他總結了科學的發展規律後認爲，人類理性的能力有限，不能包容一切經驗，所以他開始相信聖經中的預言。1703年他被選爲英國皇家學會會長，直到臨終，連任長達25年。
牛頓年輕時，曾懷疑高級生命的存在，但自從他精密研究考察奇妙的宇宙構造後，便深深地感到創造宇宙者的偉大，實在無可測度。他雖然是舉世聞名的大科學家，卻自認爲對宇宙的奧祕所知有限，幾如滄海一粟。他曾說：「在沒有物質的地方有什麼存在呢？太陽與行星的引力從何而來呢？宇宙萬物爲什麼井然有序呢？行星的作用是什麼？動物的眼睛是根據光學原理設計的嗎？豈不是宇宙間有一位造物主嗎？雖然科學未能使我們立刻明白萬物的起源，但這些都引導我們歸向萬有的神面前。」
論到天體的構造與運行，牛頓嚴正地表示：「從諸天文系的奇妙安排，我們不能不承認這必是全知全能的高級生命的作爲。宇宙間一切有機無機的萬象萬物，都是從永生真神的智慧大能而來；他是充滿萬有，全知全能的；他在這無邊無量、井然有序的大千世界中，憑其旨意，創造萬物，運行萬物，並將生命、氣息、萬物賜給人類；我們的生活，動作、存留，都在乎他。宇宙萬物，必有一位全能的神在掌管統治。在望遠鏡的末端，我看到了神的蹤跡。」他還說：「毫無疑問，我們所看到的這個世界，其中各種事物是絢麗多彩，各種運動是如此錯綜複雜，它不是出於別的，而只能出於指導和主宰萬物的神的自由意志。」
牛頓畢生的主要精力用於對精神世界的探索，視科學爲餘事。他在談到自己的科學成就時說，他不過是在「追隨神的思想」，「照神的思想去思想而已」。牛頓有一位朋友，就是英國著名天文學家哈雷，他因推算出一顆彗星的軌道，這顆彗星後來被命名爲哈雷彗星，他卻不肯相信宇宙中一切的天體是神創造的。有一次，牛頓造了一個太陽系模型，中央是一個鍍金的太陽，四圍各大行星各照各的位置排列整齊，一拉曲柄，各星立即照自己的軌道和諧轉動，非常形象和美妙。一天，哈雷來訪，見到這模型，玩弄了好久，驚歎叫好，立刻問這是誰造的。牛頓回答說，這個模型沒有人設計和製造的，只不過是偶然有各種材料湊巧碰在一起而形成的。哈雷說，無論如何必定有一人造它，並且是位天才的人。這是牛頓拍着哈雷的肩頭說：「這個模型雖然精巧，但比起真正太陽系，實在算不得什麼，你尚且相信一定有人制成它，難道比這個模型精巧億萬倍的太陽系，豈不是應該有全能的神，用高度智慧創造出來的？」哈雷才恍然大悟，也相信了有神存在。
牛頓臨終前，面對仰慕他智慧和稱頌他偉大科學成就的人，卻謙虛地說：「我的工作和神的偉大創造相比，我只是一個在海邊拾取小石和貝殼的小孩子。真理浩瀚如海洋，遠非我們所能盡窺」。
安葬在英國倫敦威斯敏斯特大教堂的牛頓的墓碑上銘刻着：「艾薩克．牛頓爵士於此長眠。以自己發明的數學方法以及高度智慧，揭示行星的運動、彗星的軌道和海洋的潮汐；探究了任何人也沒有預想的光的分解和色的本性；解釋了自然和古代的事情。他以哲學證明了全能神的偉大，他一生過着樸素的生活。這位值得稱誇的人物，豈不是全人類的光榮？」
牛頓不但是一位偉大的科學家， 而且是一位虔誠的宗教信徒， 研究宗教經典的濃厚興趣決不在科學以下。他所發表的科學著作只佔所有著作的10%，80%以上的著作都是神學著作，總字數超過140萬，可見他研究宗教經典所用的時間，遠遠超過研究科學所用的時間。牛頓不僅在科學上的成就達到登峯造極的地步，而且對宗教經典的研究和認識，也令許多宗教學者大爲驚奇。牛頓認爲值得以生命作爲資本投資在宗教經典研究上，他相信自己的勞苦不會付諸東流。看了牛頓有關研究宗教經典著作的人，都確信他的信念是完全正確的，牛頓隨着科學成就的增多，名氣的提高，對神的信仰也更加虔誠。牛頓所信仰的神，是聖經所啓示和記載的高級生命。牛頓說：「我們應當把神的話---聖經，看爲至高無上的哲學。根據研究的結果，聖經記載是有證，實在遠非世俗的歷史所能比擬。」 牛頓始終相信聖經中的預言，他說：「聖經預言有許多可信的憑據。」
牛頓對基督教經典聖經中的《但以理書》和《啓示錄》兩卷的研究廣博精深。他認真研究聖經中先知們的預言，爲《但以理書》和《啓示錄》所用的深奧詞語尋找普通的涵義。他講到《但以理書》和《啓示錄》說：「如書的話是真實的，那麼必須要發明一種新的旅行方式。人類的知識要加增，在某一日之前，人類可以每小時旅遊50英里。」弗洛特爾知道了，他正如歷代不信神的懷疑者一般，說：「看哪，那發明地心引力的聰明牛頓，當他到了老態龍鍾時，就看起一本叫聖經的書來。我們如要相信這本書的胡說，我們就必須相信人類的知識要如此發達，以致我們每小時要旅行50英里，那可伶的老人。」這個不信者的自滿態度，使他的朋友們隨着他大笑，但是今天如有人走進汽車，他必須承認說：「牛頓是一個聰明的哲學家，而弗洛特爾是一個可伶的老人。」
牛頓確信聖經中有密碼，他認爲比萬有引力更重要。因此他勤學希伯來文，努力求索聖經密碼，花了一半人生，寫了上百萬字手稿。到臨終時還在孜孜求索，由於當時沒有電腦，不管他用什麼數學模式，終歸於徒然。但現在到了電腦時代，聖經密碼已被逐漸破解，震驚了全世界，使衆多不信仰宗教的人特別是年輕人歸向宗教，也已使不少猶太人幡然悔悟。聖經密碼的破解，使牛頓的推想得以實現。
有人認爲牛頓研究科學遇到無法解決的問題才轉向神，才轉向宗教。也有人以爲牛頓後半生如不研究神學，則會在科學上取得更大的成績，而爲牛頓大爲惋惜。事實上沒有任何科學家像牛頓取得那麼大的成就，也沒有任何科學家在聖經研究方面花這麼大的功夫。說實在，世界上沒有一個科學家夠資格指責牛頓！
對於那些盲目反對宇宙中有高級生命存在的人，我舉一個牛頓的例子。 在哈雷博士還未走入宗教前的一天，他對牛頓講了一番不信神的話，牛頓不留情面加以斥責，正告他說：「哈雷博士，我對你關於天文數理的高見，一向樂於接受，因爲你是研究有素的，但你對宗教，最好不要隨便發言，因爲我知道你對此毫無研究，並且我敢斷然地說，你根本是個門外漢。」牛頓這樣斥責他，是有重要理由的，因爲他正是一個盲目反對者。後來哈雷博士經過徹底而嚴謹地研究，也走入了宗教。我們對於其他問題，照理必應先徹底研究，然後才能反對。牛頓的駁斥和見證，實在爲一般盲目反對者的當頭棒喝。