萬言書指出，軍隊是國家政權的重要組成部分，黨政分開、還權於政當然也就意味着黨軍分開，把軍隊的領導權交給由人民選舉產生的政權機構。過去長期沒有這樣做，恐怕同專制主義有關，對軍隊的共產黨員缺乏信任。
萬言書還指出，實行黨軍分開，就應當撤銷黨中央的軍事委員會，但保留國家的中央軍事委員會，由國務院和國防部及軍隊最高領導人組成，由國家元首任當然主席。
萬言書建議，取消軍隊的政治委員建制，保留政治部，作爲軍隊的政治教育機構。軍隊黨組織基層化，只負責黨的自身建設，不干預軍隊事務。軍隊實行首長負責制，全部工作由指揮員統一領導，指揮員作爲一名共產黨員，參加基層組織活動。