万言书指出,军队是国家政权的重要组成部分,党政分开、还权于政当然也就意味着党军分开,把军队的领导权交给由人民选举产生的政权机构。过去长期没有这样做,恐怕同专制主义有关,对军队的共产党员缺乏信任。
万言书还指出,实行党军分开,就应当撤销党中央的军事委员会,但保留国家的中央军事委员会,由国务院和国防部及军队最高领导人组成,由国家元首任当然主席。
万言书建议,取消军队的政治委员建制,保留政治部,作为军队的政治教育机构。军队党组织基层化,只负责党的自身建设,不干预军队事务。军队实行首长负责制,全部工作由指挥员统一领导,指挥员作为一名共产党员,参加基层组织活动。