近年因实行粮棉购销体制改革(实际上是恢复计划经济的统购统销)遭到经济学家杜润生和吴敬琏的反对,又骂杜、吴「不懂农业!」杜润生被骂后闭口不语而吴敬琏回答「你说我不懂农业还可以,说杜老不懂农业,那中国还有谁懂农业?」当前朱镕基的粮棉购销体制改革已经破产。
中央电视台对丰收之后,棉花卖不出去,棉农遭受损失已公开进行批评,而私人购粮棉,已悄然在市场里复兴,在这种情况下也没有听到朱镕基的一字自我批评。
加入WTO,朱镕基领导下的国务院又轰轰烈烈开始壮大,成立了九个行业委员会,名义上是与国际接轨,实行行业领导,实际行使的是政府职能。朱总理任上还有一年多,还记著他就职演说的人,都愿意他青史留名,而不是留下更多的决策失误。