九月十五日夜晚，總參謀部突然下達緊急命令，要求各軍事單位軍事研究部份，軍事院校等不得公開，或者任何泄露內部關於超限戰的討論。更不用說要什麼設立專門機構，否則紀錄處分。另外有消息又同時證實，超限戰作者不得再到網上去搞討論，總參甚至對於這兩個作者將要在年底和明年要出的超限戰續集也要重新考慮是否同意公開發行。
據內部消息稱，總參這樣作是副總參謀長熊光楷的意思，是配合江澤民利用這個機會和美國搞好關係。其實美國恐怖事件出現後，中國軍方一方面擔心類似事件發生在中國，但是另外一方面卻非常激動，他們認爲這件事情簡直是天賜良機，可以把這件恐怖事件作爲評估美國軍事實力、反應、以及動員等能力的絕好案例。最讓總參謀部激動的可以說就是這種新的戰爭形式的出現----超限戰。他們將要設立專門的臨時小組對這件事情作深入的研究。
可是這個敏感的時刻，具有軍事外交家稱號的熊光楷認爲「我們一定要注意國際影響」，「千萬不能把我們設立專門研究超限戰的事情泄漏出去」，否則可以成爲國家的醜惡。在他的建議下，中央軍委嚴厲要求各軍區不要再公開提超限戰，作爲搞學術研究的個人當然不包括在內。但是最要保密的則是解放軍總參將要親自設立有關超限戰研究機構的事情，因爲總參謀部的領導都一致認爲，這樣的機構設立如果在以前沒有什麼問題，但是若是現在要設立的話，那就算設立在國防大學或者科學院都不是最保密的，唯有設立在總參謀部下屬的部門內才可以保密。等這件事情稍微平靜下來，將考慮把這類的研究轉移到國防大學或者軍事科學院。
據解放軍內部消息，美國遭受空前的恐怖大攻擊，解放軍高層認爲無論從那個方面看這個事件都將對於我們解決臺灣問題，特別是「處理好」美國在之間的問題，非常有幫助。他們甚至指出，臺灣問題的解決會隨着這個事件帶來的啓示和方法將很快解決。當然他們不直接說是什麼意思，稍微有頭腦的人也能夠猜到，只要稍微回顧一下1996年熊光楷是如何威脅美國要使用核導彈攻擊美國洛杉機的就明白了。