對於離開中國，何清漣強調她對媒體講的僅僅只是陳述事實。「作爲一個對中國政府種種社會經濟政策持批評態度的學者，從2000年1月開始，我就被國家安全部門監控。在這種情況下，我在中國不能出版任何書籍、發表任何文章，只要有出版社出版我的著作、有報紙雜誌發表我的文章，政府宣傳部門就會懲罰他們。因此，我考慮出國，暫時躲避兩年，讓自己休息一下。在去年開始，我通過'拯救危難中的學者緊急行動委員會'幫助，和芝加哥大學聯繫定了一個訪問兩年的專案，今年4月底那邊寄來了邀請函，我也去辦理了護照、簽證，併購買了6月26日赴美國的機票。就在這個時候，國安部加強了對我的監控。」
何清漣原來以爲當局的主要目的是要消除其在國內的影響，禁絕其任何聲音。但最近採取的種種行動，則表明當局不想讓她「平安離開」。何清漣指安全部門採用非法手段在她家的祕密蒐證，有明確的指向性－－取走的文件都是她和國外聯繫的資料，如她訪問國外一些非政府組織，環保、信仰交流等組織，與這些組織負責人合影的照片。何清漣「聯想到今年以來中國政府做事一種非常強的傾向性，那就是指控別人爲特務，比如他們逮捕的幾個中國學者李少民、高瞻，都被指稱爲外國特務；《六四真相》的編輯者黎安友、林培瑞也被認爲是披著學者外衣的爲中央情報局做事的特務。」她感覺到當局會用同樣的手段對付自己――在她6月26日出海關的時候將其逮捕――李少民、高瞻，包括還有以前的宋永毅，都是在機場出入海關的時候被捕的。
何清漣說，「在中國，我的讀者都知道，我是一個以敢於批評中國政府社會經濟政策著稱的，（當局）一直在打壓我，這個時候突然宣佈我是間諜，大家肯定不會相信；國際社會也不會相信，所以他們認爲他們（先）要找到這些所謂的證據。我設想，他們會把那隻手機說成是聯繫工具，把向我發出邀請函的外國政府機構說成是外國情報機構，我的一些研究資料他可以說成是一些祕密情報……」於是何清漣決定，「既然我不能平安的離開，我應該趁他還沒有下逮捕令之前離開中國。"
從李少民和高瞻等華裔學者被以間諜罪名起訴，到這次自己被逼出逃，何清漣強調「這次他們用這種手段對付我，是中國政府改變知識份子政策的一個表現。以往他們都是用'反資產階級自由化'、'清除精神污染'還有嚴格控制言論的辦法對付知識份子，這種做法使政府在民衆中的形象變得非常糟糕，現在他繼續用這種方法羅織罪名、載贓陷害已經不靈了，如果給我戴上一頂'外國特務'的帽子，就可以毀掉我的名譽，就可以置我於死地。因爲在他們的宣傳下，人民是不會原諒一個'外國間諜'的」。她指出，在江澤民身邊的權臣曾慶紅，繼承了其父前中共特務頭子――內務部長曾山的衣鉢，在利用特務手段整肅知識份子方面，現在又有了"青出於藍"的表現。
98年《現代化陷井》出版的時候，何清漣不但廣受讀者歡迎，據說還受到中國政府高層的重視，爲什麼僅僅兩年以後，這本書的作者的處境就發生如此大的變化？何清漣介紹：其實這本書在當時的出版是相當困難的，在國內出版之前先在香港出版，在香港出版後，當時政治局把這本書當作「反動書籍」，叫人去買，並準備逮捕作者。「當時的中央政治局開會談到這本書，因爲意見不統一，有人認爲這是一本反動書籍，應該立即逮捕我，還有一種意見認爲作者說的也是事實，第三種意見是肯定這本書，認爲這是一本中共幹部必讀的書，因爲它充分解釋了改革的艱難性和曲折性。後來，在當時與江澤民關係還算不錯的劉吉的幫助下－－因他的肯定，這本書才在國內獲得出版。江澤民的另外一個智囊汪道涵也很喜歡這本書，據說他隨身攜帶著那本書，走到那裏就向那裏的幹部和知識份子、外國專家推薦。因爲，當時他們還有一點點信心，以爲通過閱讀這本書，可以幫助他們反腐敗克服一些問題。但是兩年多來，社會問題越來越嚴重，他們已經沒有信心解決這些問題。加上去年三月我發表一篇文章《當代中國社會結構總體性分析》，在這篇文章中，我揭示了中國現今的腐敗是一種制度性腐敗，中國在權力市場化作用下貧富差距日益擴大，少數政治精英和經濟精英憑藉自己的政治權力聚斂財富－－越來越富，廣大工人農民處於日益邊緣化的沒落處境。我尖銳的批評了中國政府對人民極端不負責任的表現。文章發表後在國內引起很大的轟動，在國外也有翻譯成英文發表，這篇文章大大的觸怒了中央政府，就在文章發表的三月份，中央政策研究室和中宣部各組織了一個調查組，到文章發表的所在地－－長沙，調查這一'事件'。我的解釋是，他們無法面對這篇文章中提出的問題和揭示的困境。」
中國政府禁書、抓學者，與其對社會的不穩定狀況的強烈感受相關聯。何清漣表示：這種不穩定是任何人都已經感受到的，但是當局要阻止民衆對造成這種不穩定的本質在於中共專制統治的深刻認識，現在地方性的騷亂非常多，但是中國的老百姓根本就不知道，比如南京市的鼓樓區，前一陣發生了集聚幾萬人罷工的事，在同一個城市的南京大學的老師根本就不知道；比如深圳龍港區發生幾起工人罷工事件，但是一發生罷工就進行全面封鎖，不準記者入內，也不許裏面的人出來。因爲資訊的轉遞會幫助不滿情緒的滋長蔓延。在何清漣看來，「中國的民主化，我覺得言論自由是一個前提，但他現在控制輿論越來越緊。」