对于离开中国，何清涟强调她对媒体讲的仅仅只是陈述事实。“作为一个对中国政府种种社会经济政策持批评态度的学者，从2000年1月开始，我就被国家安全部门监控。在这种情况下，我在中国不能出版任何书籍、发表任何文章，只要有出版社出版我的著作、有报纸杂志发表我的文章，政府宣传部门就会惩罚他们。因此，我考虑出国，暂时躲避两年，让自己休息一下。在去年开始，我通过'拯救危难中的学者紧急行动委员会'帮助，和芝加哥大学联系定了一个访问两年的专案，今年4月底那边寄来了邀请函，我也去办理了护照、签证，并购买了6月26日赴美国的机票。就在这个时候，国安部加强了对我的监控。”
何清涟原来以为当局的主要目的是要消除其在国内的影响，禁绝其任何声音。但最近采取的种种行动，则表明当局不想让她“平安离开”。何清涟指安全部门采用非法手段在她家的秘密搜证，有明确的指向性－－取走的文件都是她和国外联系的资料，如她访问国外一些非政府组织，环保、信仰交流等组织，与这些组织负责人合影的照片。何清涟“联想到今年以来中国政府做事一种非常强的倾向性，那就是指控别人为特务，比如他们逮捕的几个中国学者李少民、高瞻，都被指称为外国特务；《六四真相》的编辑者黎安友、林培瑞也被认为是披著学者外衣的为中央情报局做事的特务。”她感觉到当局会用同样的手段对付自己――在她6月26日出海关的时候将其逮捕――李少民、高瞻，包括还有以前的宋永毅，都是在机场出入海关的时候被捕的。
何清涟说，“在中国，我的读者都知道，我是一个以敢于批评中国政府社会经济政策著称的，（当局）一直在打压我，这个时候突然宣布我是间谍，大家肯定不会相信；国际社会也不会相信，所以他们认为他们（先）要找到这些所谓的证据。我设想，他们会把那只手机说成是联系工具，把向我发出邀请函的外国政府机构说成是外国情报机构，我的一些研究资料他可以说成是一些秘密情报……”于是何清涟决定，“既然我不能平安的离开，我应该趁他还没有下逮捕令之前离开中国。"
从李少民和高瞻等华裔学者被以间谍罪名起诉，到这次自己被逼出逃，何清涟强调“这次他们用这种手段对付我，是中国政府改变知识份子政策的一个表现。以往他们都是用'反资产阶级自由化'、'清除精神污染'还有严格控制言论的办法对付知识份子，这种做法使政府在民众中的形象变得非常糟糕，现在他继续用这种方法罗织罪名、载赃陷害已经不灵了，如果给我戴上一顶'外国特务'的帽子，就可以毁掉我的名誉，就可以置我于死地。因为在他们的宣传下，人民是不会原谅一个'外国间谍'的”。她指出，在江泽民身边的权臣曾庆红，继承了其父前中共特务头子――内务部长曾山的衣钵，在利用特务手段整肃知识份子方面，现在又有了"青出于蓝"的表现。
98年《现代化陷井》出版的时候，何清涟不但广受读者欢迎，据说还受到中国政府高层的重视，为什么仅仅两年以后，这本书的作者的处境就发生如此大的变化？何清涟介绍：其实这本书在当时的出版是相当困难的，在国内出版之前先在香港出版，在香港出版后，当时政治局把这本书当作“反动书籍”，叫人去买，并准备逮捕作者。“当时的中央政治局开会谈到这本书，因为意见不统一，有人认为这是一本反动书籍，应该立即逮捕我，还有一种意见认为作者说的也是事实，第三种意见是肯定这本书，认为这是一本中共干部必读的书，因为它充分解释了改革的艰难性和曲折性。后来，在当时与江泽民关系还算不错的刘吉的帮助下－－因他的肯定，这本书才在国内获得出版。江泽民的另外一个智囊汪道涵也很喜欢这本书，据说他随身携带著那本书，走到那里就向那里的干部和知识份子、外国专家推荐。因为，当时他们还有一点点信心，以为通过阅读这本书，可以帮助他们反腐败克服一些问题。但是两年多来，社会问题越来越严重，他们已经没有信心解决这些问题。加上去年三月我发表一篇文章《当代中国社会结构总体性分析》，在这篇文章中，我揭示了中国现今的腐败是一种制度性腐败，中国在权力市场化作用下贫富差距日益扩大，少数政治精英和经济精英凭藉自己的政治权力聚敛财富－－越来越富，广大工人农民处于日益边缘化的没落处境。我尖锐的批评了中国政府对人民极端不负责任的表现。文章发表后在国内引起很大的轰动，在国外也有翻译成英文发表，这篇文章大大的触怒了中央政府，就在文章发表的三月份，中央政策研究室和中宣部各组织了一个调查组，到文章发表的所在地－－长沙，调查这一'事件'。我的解释是，他们无法面对这篇文章中提出的问题和揭示的困境。”
中国政府禁书、抓学者，与其对社会的不稳定状况的强烈感受相关联。何清涟表示：这种不稳定是任何人都已经感受到的，但是当局要阻止民众对造成这种不稳定的本质在于中共专制统治的深刻认识，现在地方性的骚乱非常多，但是中国的老百姓根本就不知道，比如南京市的鼓楼区，前一阵发生了集聚几万人罢工的事，在同一个城市的南京大学的老师根本就不知道；比如深圳龙港区发生几起工人罢工事件，但是一发生罢工就进行全面封锁，不准记者入内，也不许里面的人出来。因为资讯的转递会帮助不满情绪的滋长蔓延。在何清涟看来，“中国的民主化，我觉得言论自由是一个前提，但他现在控制舆论越来越紧。”