然而，令人不解的是，就在錢其琛結束訪問返抵北京之時，新華社卻發表長篇評論文章，指臺灣的副總統呂秀蓮支持法輪功，又指臺獨勢力與法輪功合流，利用法輪功進行分裂活動。
呂秀蓮除了公開出席過法輪功在臺北的聚會外，是否還有其他與法輪功「相互勾結」的證據，我們不得而知，或許北京另有渠道獲悉。但在海外的一般理解是，呂秀蓮出席法輪功臺北聚會的主要動機是想表明，不管人們是否贊成法輪功，但卻都應該捍衛法輪功的言論自由。許多香港人看法輪功問題，實際上也是持這一態度。
觀察家認爲，如今新華社的評論將法輪功問題和臺獨問題混爲一談，不知江老先生又犯了什麼病？從來沒聽說法輪功要分裂中國，也沒聽說法輪功支持臺灣獨立呀！不過江先生調集百萬大警鎮壓法輪功沒成功倒是人所共知的。既然眼皮底下的鎮壓都失敗了，隔一個海峽談鎮壓，那就看能不能把海底動物給嚇着。