4月16日上午11時，判處湯若望死刑的公文送到康熙皇帝和太皇太后手中，突然，北京發生地震，故宮搖撼，房屋倒塌，宣武大教堂頂上的十字架震落，地面上狂風大作，灰塵漫天，京城一片昏暗，地震持續了三天。
輔政大臣們驚恐萬分，慌忙請太皇太后「懿旨定奪」此案，太后傳諭「湯若望向爲先帝所信任，禮待極隆，爾等欲置之死地，毋乃太過」。
4月19日，湯若望，南懷仁等無罪釋放。
次年75歲的湯若望去世，葬於利馬竇身旁。他在中國44年，《明史》《清史》都有記載，那始全國基督徒多達25萬。
康熙14歲時臨朝親政，任命南懷仁爲欽天監正，追祭湯若望，逮捕了奸臣酷吏鰲拜，處以極刑。全國上下高呼明君！
注：凌遲─是用極鋒利的刀把犯人的肉活生生地一片片割下而死。