4月16日上午11时，判处汤若望死刑的公文送到康熙皇帝和太皇太后手中，突然，北京发生地震，故宫摇撼，房屋倒塌，宣武大教堂顶上的十字架震落，地面上狂风大作，灰尘漫天，京城一片昏暗，地震持续了三天。
辅政大臣们惊恐万分，慌忙请太皇太后「懿旨定夺」此案，太后传谕「汤若望向为先帝所信任，礼待极隆，尔等欲置之死地，毋乃太过」。
4月19日，汤若望，南怀仁等无罪释放。
次年75岁的汤若望去世，葬于利马窦身旁。他在中国44年，《明史》《清史》都有记载，那始全国基督徒多达25万。
康熙14岁时临朝亲政，任命南怀仁为钦天监正，追祭汤若望，逮捕了奸臣酷吏鳌拜，处以极刑。全国上下高呼明君！
注：凌迟─是用极锋利的刀把犯人的肉活生生地一片片割下而死。