中國時報19日報道，兩國論的出現，有其特定的環境背景。由於美國總統柯林頓發表「三不」立場，學者提出「中程協議」構想，加上中共聯美、日等國打壓臺灣的「大國外交」日見成效，我國政府感到已逐漸被迫滑向中共的「一箇中國」陷阱，自己的主權國家地位與空間似乎正在國際間流失，兩岸政治談判壓力愈來愈大。於是，深受李登輝信賴的新生代幕僚－國安會諮詢委員蔡英文與張榮豐、總統府副祕書長林碧昭，便和臺大、政大、臺經院等多位法政學者組成了一個小組，研究如何「強化中華民國主權國家地位」。
修憲修法再廢除國統綱領
在研究期間，蔡英文曾遠赴美國、日本、義大利等地，與知名國際法學者訪談，就臺灣如何從法律面突破國際困境徵詢意見。研究小組定期直接向李總統提出報告，李總統也曾在官邸宴請小組成員。由於蔡英文、張榮豐及林碧昭都能直接接觸李登輝，因此國安會祕書長殷宗文雖然知道有這個小組，但對詳細研究內容，卻還隔了一層。
經過一年左右的研究，八十八年五月完成了一份研究案，其結論是：必須將兩岸定位爲國家對國家的關係，才能走出中共「一箇中國」的框架。而立論依據，是一九九一年修憲已將憲法的地域效力限縮在臺灣，並承認中華人民共和國在大陸統治權的合法性，民意機關也僅從臺灣人民中選出。一九九二年修憲進一步將總統、副總統改爲臺灣人民直接選舉，並在一九九五年完成首次總統直接民選，使所建構的國家機關只代表臺灣人民，國家權力統治的正當性也只來自臺灣人民的授權。因此從一九九一年修憲以來，兩岸就是國家與國家的關係。至於「特殊的國與國關係」一詞，當時並未出現在研究案中。
該案也明確規劃了以低調、漸進的方式，分階段落實「兩國論」的步驟。包括了修憲、修法、廢除國統綱領。在修憲部分，建議方案之一，是凍結憲法第四條「中華民國領土，依其固有之疆域，非經國民大會之決議，不得變更之。」另訂增修條文「中華民國領土爲本憲法有效實施地區，憲法第四條不適用」代之。
在修法部分，則將所有法律中之「自由地區」、「臺灣地區」、「大陸地區」等名詞改爲「中華民國」與「中華人民共和國」。憲法增修條文亦依同樣原則修正。
至於以「統一」爲目標的國統綱領，則先弱化再廢除。研究案中建議不再用「統一」兩字，改用「終局解決」四字，提出「統一不是唯一選項」論調。作法則分成幾個階段：先「少提」，然後「不提」，再慢慢公開「新思維」，最後廢除國統綱領，另以「兩岸綱領」取代。而「兩岸綱領」的進程、條件與內容，這份研究案中也作了具體規劃。
研究案更檢討了當時的大陸政策，包括建議以後不要講「一箇中國」、「一箇中國就是中華民國」、「一箇中國就是『一中各表』」，不要再說「一個分治的中國」、「一國兩府」、「中華民國自一九一二年以來即存在」、「臺灣是中國的一部分，大陸也是中國的一部分」，並且也要少提波茨坦宣言及開羅宣言。
李登輝宣告終止動員戡亂時期時，是承認中華民國治權不及於中國大陸，但並未放棄對中國大陸的主權及未來的統一目標。而基本上，兩國論則是放棄了對中國大陸的主權宣告，也不再以統一爲國家目標。簡而言之，就是中華民國與中華人民共和國對等共存於臺海兩岸，臺灣不是中國的一部分，並以此新基礎來推動兩岸政治談判，開創兩岸關係新局。
發佈之前原打算廣泛諮商
李登輝對研究報告相當認同，在「臺灣的主張」一書中，他曾透露希望與國際法學者好好討論中華民國地位，想談的便是「兩國論」主張。不過，研究案中的修憲、修法、廢國統綱領等建議，李總統覺得牽動層面太廣，得好幾年才能做好。於是，他決定原則接受研究案的論點，挑一個時機以「陳述事實」方式對兩岸作出新的定位，也爲未來的大陸政策定了調，但暫時不要把動作做得太大，憲法、法律及國統綱領都先不去動。
至此，李登輝已經動用元首權，作出採行「兩國論」的政策決定了。但發佈時機，則還需要研究。九月是聯合國大會期間，兩岸關係通常緊繃，不適合提出新主張。再晚，總統選戰就要開打了，輔選之不暇，也不宜再提兩岸問題。而且高層獲得訊息，中共國家主席江澤民會在十月一日國慶時宣佈，海協會會長汪道涵訪臺時，將展開臺灣迴歸的政治談判。因此爲了替中華民國主權地位建立一個安全網，必須及早對兩岸關係重新定位。選來選去，覺得還是七月最適合。
直到此時，「兩國論」都還只存在於幾位幕僚及李登輝之間，國安會不曾正式討論其研究結論，政府相關部會更不曾交換意見，甚至連殷宗文也沒看過整個研究案。不過，陸委會主委蘇起七月初要赴美參加國建聯誼會，爲免他措手不及，蔡英文及張榮豐在他行前特別作了場簡報。不過，簡報內容較爲簡略，也沒提修憲等事項。
而這是蘇起第一次聽到這個案子，當時他大吃一驚，覺得此事非常嚴重，但他並不知道決策已定，以爲只是一般的研究案。因此，他雖然不贊成，倒只建議研究小組要評估可能的衝擊，並且要廣泛諮商，至少政府內部要深入交換意見，等他從美國回來之後大家再好好談談。蔡英文與張榮豐也贊成，隨後敲定了七月十七、十八日的週末假期，在鴻禧訂下十二間房，讓相關官員來腦力激盪一番。
事態嚴重只好打住先救火
但議論未行，李登輝的話就已經先出口了。七月初，「德國之音」有兩位記者來臺，定於九日上午專訪李總統。專訪前一晚，李總統審閱對方事先提出的問題和新聞局的答覆擬稿。第一題就問到北京視臺灣爲「叛離的一省」。李登輝對答覆擬稿很不滿意，當時手邊正好有兩國論的研究報告，就決定藉此場合發表。大筆一揮，□掉了原擬稿，自己依報告寫下一大段答覆。爲了緩和衝擊，在兩岸是國家與國家關係之外，再加上了「至少是特殊的國與國關係」，第二天便在專訪時正式提出。
這當然引起軒然大波，但由於李登輝發佈的過程近似臨時起意，相關部會沒來得及協商，所以連外交部、新聞局等政府首長都不知道究竟出了什麼事，更不明白大陸政策到底跑到那裏去了。十日才回國的蘇起同樣丈二金剛，面對記者的詢問只能推說等上班了再說。
十二日上午，殷宗文在國安會召開高層會議，蔡英文等人此時才把強化中華民國主權國家地位研究報告作了完整報告。會中分爲兩派立場，殷宗文、辜振甫及蘇起三人反對脫離「一箇中國」的「特殊的國與國關係」，力主迴歸「一中各表」，其他人則支持新的兩岸定位。
至於對沖擊的事前評估，蔡英文及張榮豐在會中表示曾作周延評估，而其評估結果，是汪道涵不一定不來－即使不來也沒關係，中共不會因此而打臺灣，美國也不會反對。總而言之，就是不會有太多負面影響。然而，事實很明顯，不只國內譁然、中共跳腳，美國也勃然大怒。這大概是第一次，臺灣把敵人和朋友全得罪了。
情勢緊急，會中決議由陸委會出面善後，蘇起於是在當天下午舉行記者會。他勉力把「特殊的國與國關係」和原有的「一箇中國」政策掛上鉤，但在會中提到對「一箇中國」的說法感到失望，卻又引發了更激烈的爭議。而在這段期間，林碧昭也曾私下向媒體作背景說明，強調這是一次態度積極的政策調整，李總統有意以國家對國家的兩岸新定位，大步展開兩岸政治談判。這些訊息見諸報端，讓「兩國論」風波愈演愈烈。
事情一鬧大，外界開始質疑決策過程。總統府於是宣佈，這是由「加強中華民國主權國家地位研究小組」審慎研究一年的結果。而且爲了壯聲勢，把總統府祕書長黃昆輝、資政丁懋時及殷宗文等人都列入，以掩飾其實只是幾位新生代幕僚和李登輝之間的決定。而由於未經協調，各部會仍然搞不清楚政策，新聞局爲外籍記者準備的說帖臨時撤回，甚至連「特殊的國與國關係」之英譯也亂成一團。
美國政府對此事極不諒解，因爲臺灣既需要美國保護，如此重大的政策調整竟不先行知會。當時兩岸軍機起降頻繁，臺海山雨欲來，美國於是向兩岸分別提出照會，而且還罕見地予以公開。除了以叫停一個軍事訪問團等方式懲罰臺灣外，美方也建議我國撤換蘇起，以化解兩岸緊繃局勢。但李登輝倒是替蘇起扛起了壓力，不同意換人。
在內外情勢皆不利下，「特殊的國與國關係」不得不退讓，但怎麼退、退到那裏，又隱隱有一番路線拉鋸。陸委會在八月發表說帖呼籲兩岸回到「一中各表」共識，卻被總統府高層批判爲「失去李總統原味」。不過，兩岸關係倒是得以漸趨緩和，而柯林頓總統也提出了「一箇中國、和平解決、兩岸對話」的三支柱說。
其實，在接受「德國之音」專訪時，李登輝一點也沒想把事情鬧得這麼大，以爲只是把存在已久的一個法律事實講出來而已。所以對後來的軒然大波，他也覺得很意外。問題出在那裏？回顧整個爭議過程，一位了解內幕的人士指出：「順序弄錯了啦！」
原來，兩國論是有一道一道步驟的。例如修憲時，以隱諱的「憲法有效實施範圍」代替赤裸裸的「臺澎金馬」，在大家不會注意到的情況下作國家定位的根本變革。對國統綱領也是逐漸弱化稀釋，然後再以兩岸綱領取而代之。一步一步地做，每一步都小到似乎不成爲被指責的理由，也不會引起注意，但日積月累下來，就做成了「兩國」的既成事實，屆時要不要作政策宣示都不重要了。結果，蘇起和林碧昭講話坦白了點，把本想默默、慢慢做的事，先敲鑼打鼓地亮了出來。步驟一亂，事情一鬧大，當然就只好打住先救火再說。
到十月十日的國慶文告裏，李總統已經回到「一中各表」的立場了。不過，「特殊的國與國關係」終究出了口，也爲兩岸關係重新定了調。一個如此重大的決策，事前未廣泛諮詢，相關部會未充分溝通，衝擊評估又脫離現實，竟然就成爲我國數十年來最重大的一項政策。而這，充分展現了李登輝的行事風格。
李雖下臺兩國論影響深遠
持平而論，不管是李登輝還是研究小組成員，出發點都是爲了維護及爭取臺灣的利益。當「一箇中國」的路愈走愈窄、愈走愈趨近中共所設定的框架時，跳出來另外開路，也不失一種創造生存空間的選擇。深入探究，臺灣會失去對既有一中路線的信心，其實強硬打壓臺灣的中共與無視臺灣利益的美國，都要負相當責任。然而國際現實不能只談法律面，一個如此重大的政策轉變，不僅應該多聽取不同意見，也應該先與美國溝通。而期望神不知鬼不覺地調整大陸政策，也根本昧於當前現實。
現在，李登輝已經下臺，兩國論卻未必隨之而去。李登輝是否曾把這份研究案傳承給陳水扁，外界無從得知。但當時研究小組的要角蔡英文、張榮豐分別出任陸委會主委與國安會副祕書長，都是陳水扁最重要的大陸政策掌舵者。而新政府上臺後，決策體系內便幾乎再也沒有能勉強拉住脫繮政策的不同聲音。與其把焦點放在新政府還提不提兩國論，不如仔細看看，當前的兩岸政策，到底有多少是兩國論的未竟工程？(http://renminbao.com)